Genome assembly quality assessment---snail plot(BlobToolKit)

基因组组装质量评估之蜗牛图（snail plot），其主要是根据scaffold的（或contigs）N50/N90指标，以及BUSCO评分结果，对基因组组装质量进行可视化展示，所使用的软件是BlobToolKit。

1、BlobToolKit（V4.3.7）的GitHub项目地址：

https://github.com/blobtoolkit/blobtoolkit

2、使用指南

https://blobtoolkit.genomehubs.org/blobtools2/blobtools2-tutorials/

3、软件安装

#Conda to reconstruct "btk" enviroment
conda create -y -n btk -c conda-forge python=3.9 conda activate btk

#activate environment
conda activate btk

#install blobtoolkit
pip install "blobtoolkit[full]"

#check to work
blobtools -h

4、蜗牛图绘制

#添加数据并解析成json格式，最低要求仅需要基因组fasta文件，此外可添加BUSCO结果文件。注意：基因组fasta文件和BUSCO结果文件的染色体（scaffold或contig）编号需要一致。
blobtools add --bsuco path/to/species_full_table.tsv --fasta path/to/species_genome_final.fa path/to/WorkindDir

#绘制蜗牛图
blobtools view  --format png --plot --view snail path/to/WorkindDir

5、文件夹结构

#工作路径下文件结构
├── embryophyta_odb10_busco.json
├── gc.json
├── identifiers.json
├── length.json
├── meta.json
└── ncount.json

6、可视化结果